Hojo ist der Leiter der Genforschungsabteilung der ShinRa und ein etwas bizarrer Wissenschaftler. Beteiligt am JENOVA-Projekt weiß er mehr über das Vergangene, als die meisten anderen. Nachdem Hollander versuchte, ihm seinen Platz streitig zu machen, drängte Hojo ihn aus der Firma und widmete sich weiter seinen Forschungen. Auch weiß er über das Grauen Bescheid, welches Genesis und Angeal widerfahren ist. Viel mehr aber am eigentlichen  JENOVA-Projekt beteiligt, als die meisten wissen, verbirgt auch Hojo etwas, von dem der Betroffene nichts weiß. Zu Beginn der Geschichte scheint er noch keine große Rolle zu spielen, aber das ändert sich, nachdem er nach Zack's letzter Mission nach Nibelheim hinüberreist.
Rolle in Final Fantasy VII: Hojo ist auch hier der Leiter der Abteilung für Genforschung bei ShinRa und erscheint das erste Mal als er von seinen bizarren Plan, Aerith und Nanaki zu kreuzen, berichtet. Aerith und Nanaki rettend, schickt er der Truppe eines seiner Experimente auf den Hals. Nach dem Tod des Präsidenten sieht man ihn am Strand der Costa del Sol liegend, wo er diverse Dinge über Sephiroth's Weg murmelt. Holt man sich Vincent in die Gruppe erfährt man auch etwas über ihn und Hojo, der ihm die Monsterzellen injeziert hat. Nachdem man das erste Mal die Nordhöhle erreicht, erscheint Hojo mit Rufus und erzählt davon, dass es Sephiroth war, der alles geplant hat mit seinem Willen und JENOVA's Wiedervereinigung. Auch in der Vergangenheit bereits mit Cloud zu tun gehabt, weist er ihn am Krater zurück, als Cloud nicht weiß wer er ist und eine Nummer verlangt. Letztendlich Midgar noch einmal aufgesucht, um endgültig mit ShinRa abzurechnen und Hojo davon abzuhalten, mit der Sister Ray ein weiteres mal auf die Nordhöhle zu feuern, da es den Pleneten Unmengen an Energie kostet, erzählt Hojo die Wahrheit, dass er Sephiroth's Vater ist und ihm die Energie geben will, damit Sephiroth sie in sich aufnehmen kann, bevor er auch noch preisgibt, dass er ebenfalls JENOVA-Zellen in sich trägt und man ihn in den merkwürdigsten Mutationen bekämpfen muss, um ihn aufzuhalten.
Rolle in Final Fantasy VII Advent Children: Weder erscheint Prof. Hojo dort, noch ist von ihm die Rede.
Rolle in Final Fantasy VII Dirge of Cerberus: Hojo ist in DoC ein wichtiger Charakter. Er erscheint bereits im Intro als die Evakuierung Midgar's vorgenommen wurde, noch als Meteor über dem Planeten schwebte. Später im Laufe der Story kommt er immer wieder in Flashbacks bezüglich Sephiroth's Geburt und Vincent's, sowie Lucrecia's vergangenheit vor. Nachdem man bis in den Mako-Reaktor 0 vorgedrungen ist, um Weiss aufzuhalten, der sich mit Omega vereinen soll, erfährt man, dass Hojo seinen Geist vor seinem physischen Tod virtualisiert hat und die Kontrolle über Weiss übernommen hat, welcher ein idealer Wirt für Omega sein würde, zu dem Hojo werden will. Kurz nach der Offenbarung seines Plans aber, wird sein Geist vertrieben, nachdem Nero seinem Bruder seine Kräfte gegeben hat und damit einen unreinen Wirt geschafften hat. |
