Neben dem Endgegner und der Zwischenendgegner in Final Fantasy VII Crisis Core finden auch während dem Durchlaufen bestimmter Screens Zufallskämpfe statt, die durch das plötzliche Erscheinen von Gegnern eröffnet werden. Während der Story finden neben den Zwischenendgegnerkämpfen und dem Endkampf auch normale, immer an bestimmter Stelle festgelegte Kämpfe gegen normale Gegner statt. Wird man in einen Zufallskampf oder in einen festgelegten Kampf verwickelt, heißt es: "Activating Combat Mode". Während des in Echtzeit bestrittenen Kampfes ändert sich die Tastenbelegung teilweise. Jede Aktion die Zack oder ein Gegner ausführt, verbraucht unterschiedlich viel Zeit zum Ausführen(Beispiel: Ein normaler physischer Angriff verbraucht kaum Zeit; das Sprechen des Zaubers "Ultima" hingegen einige Sekunden), so kann durch das rechtzeitige Angreifen die Aktion unterbrochen werden(die Aktionen bestimmter Gegner können nicht unterbrochen werden); Zack's Aktionen allerdings auch. Durch den Verfall in den Zustand "Geduld" ignoriert Zack den gegnerischen Angriff beim Ausführen einer Aktion. Während des gesamten Kampfes läuft links oben das Digital Mind System. Betrieben durch die SP stoppt es und sorgt durch die bestimmte gestoppte Kombination an Zahlen für den Ebenenaufstieg Zack's, den Ebenenaufstieg der Materia, einige Zustände Zack's und sollten an beiden Seiten zwei gleiche Charakter-Bilder gestoppt werden, wechselt das D.M.W in den Vollbildschirm, um das mittlere Bild zu stoppen und einen evtl. "Power Surge" auszuführen, welcher eine mächtige Spezialtechnik ist(Zack's Ebene und Materia können auch nur im Vollbildschirm aufsteigen. Ist der Gegner besiegt, erhält Zack jenachdem wen er bekämpft hat, evtl. ein Objekt, evtl. eine bestimmte Summe Gil, sowie SP und damit ist der "Conflict Resolved".